Local de chegada dos primeiros portugueses ao Brasil no ano de 1500, a região do que viria a ser o estado da Bahia começou a ser povoada em 1534. Tomé de Sousa, o primeiro governador-geral, fundou Salvador, que se tornou a primeira capital do país em 1549, sendo por muitos anos a maior cidade das Américas. Em 1572 o governo colonial dividiu o país em dois governos, um em Salvador, e o outro no Rio de Janeiro, esta situação se manteve até 1581, quando a capital do Brasil passou a ser novamente apenas Salvador. A capital foi transferida para o Rio de Janeiro definitivamente em 1763, pelo Marquês de Pombal.
Em Salvador concentrou-se uma grande população de europeus, índios, negros e mestiços - em decorrência da economia centrada no comércio com dezenas de engenhos instalados na vasta região do Recôncavo. Antigo Palácio do Governo do Estado. É vísivel a riqueza do periodo.
O território original da Bahia compreendia a margem direita do rio São Francisco (a esquerda pertencia a Pernambuco). Estava, basicamente, dividido entre dois grandes feudos: a Casa da Ponte e a Casa da Torre, dos senhores Guedes de Brito e Garcia d'Ávila, respectivamente - promotores da ocupação de seu território.
Ingleses e holandeses atacaram a Bahia no século XVII. Salvador chegou a ficar sob domínio holandês entre 1624 e 1625, mas foi retomada pelos portugueses. Os holandeses chegaram à capital baiana com inúmeras embarcações e mais de 3600 soldados. Salvador, que não recebeu reforço, tinha apenas 80 militares, que debandaram com a maioria da população na iminência do ataque. Os holandeses chegaram à praça deserta, exceto pelo governador, que segurava a espada em riste prometendo defender a cidade até a morte. Foi detido.
No Recôncavo, organizado nas pequenas vilas, prepararam a reação, com ajuda e empenho do Arcebispo da Bahia. Nova invasão ocorreu em 1638, período em que Nassau dominava boa parte do Nordeste, mas foi fortemente repelida.
Em 1798 foi cenário da Conjuração Baiana, que propunha a formação da República Bahiense - movimento pouco difundido, mas com repressão superior àquela da Inconfidência Mineira: seus líderes eram negros instruídos (os alfaiates João de Deus, Manuel Faustino dos Santos Lira e os soldados Lucas Dantas e Luís Gonzaga das Virgens) associados a uma elite liberal (Cipriano Barata, Moniz Barreto e Aguilar Pantoja), mas só os populares foram executados, mais precisamente no Largo da Piedade a 8 de novembro de 1799.
Mesmo após a declaração de independência do Brasil, em 7 de setembro de 1822, a Bahia continuou ocupada pelas tropas portuguesas, até à rendição destes, ocorrida no dia 2 de julho de 1823. Por essa razão a data é comemorada pelos baianos como o Dia da Independência da Bahia.
Com a independência do Brasil, os baianos exigiram maior autonomia e destaque. Como a resposta foi negativa, organizaram levantes armados que foram sufocados pelo governo central.
Em 1834, a Bahia foi palco da revolta dos malês (como eram conhecidos os escravos africanos islamizados), tida como a maior revolta escrava da história do Brasil. Com a República ocorreram outros incidentes políticos importantes, como a Guerra de Canudos e o bombardeio de Salvador, em 1912. A Bahia contribuiu ativamente para a história brasileira, e muitos expoentes baianos constituem nomes de proa na política, cultura e ciência do país.